O CEEDH-ES é composto por órgãos, organizações e entidades da sociedade civil e do poder público que atuem ou tenham vínculos com a educação em direitos humanos e tem a seguinte estrutura organizacional:

1. Plenária
2. Coordenação Executiva
3. Comissões Temáticas

Plenária: instância máxima de deliberação composta por todas as entidades e órgãos que integram o comitê.

Coordenação Executiva: órgão executivo eleito pela Plenária responsável por coordenar e acompanhar as atividades do CEEDH-ES.

Comissões Temáticas: instâncias de natureza técnica criadas e estabelecidas pela Plenária que pode incluir defensores e defensoras dos direitos humanos, integrantes de movimentos sociais, educadores e educadoras, pesquisadoras e pesquisadores e profissionais ligados às áreas de atuação da educação em direitos humanos.